应用场景

探索Ecoli大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的表型可塑性

研究目的

一个物种如何在群落中对这样的生物环境做出反应,最终导致其进化,一直是生态进化生物学家们感兴趣的话题。我们研究了两种细菌共培养过程中的相互作用。我们通过全基因组测序确定了大量的单核苷酸多态性(SNPs),作为预测表型性状变异的遗传标记。应用全基因组关联研究(GWAS)确定了控制两个物种间竞争的基因座。在大肠杆菌中,与共培养菌株相比,显著SNPs会影响最大生长率的变化,部分显著SNPs也会影响了单培养菌株和共培养菌株最大生长率的变化。

平台使用&研究方法

利用超算云平台研究了大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的表型可塑性,两种微生物在单培和共培养条件下的相互作用。在面对环境变化时,物种间的相互作用不仅会引起物种丰度和分布的生态变化,还会影响组成物种的进化,这进而影响生态系统的功能。在超算云平台的超级计算机帮助下,通过构建数理、工程及生命科学模型对两种微生物单培、共配条件下的丰度进行分析。

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